隨著許多重要作物及植物全基因組測序的完成,科研人員對精準、快速、無損獲取植物表型信息的需求日益增加，功能完備的表型信息采集設備和表型信息分析技術將成為推動表型組學發(fā)展的加速器。上海農業(yè)科學院與上海澤泉科技股份有限公司，結合雙方各自的優(yōu)勢，在上海農業(yè)科學院奉賢莊行試驗站共同創(chuàng)立植物表型技術研究平臺。這也是省級農科院中最具代表性的植物表型組學專業(yè)研究平臺，也是院企合作建立研究型平臺的創(chuàng)新嘗試。
上海農業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺 | |
地址 | 上海市奉賢區(qū)葉莊公路888號上海農業(yè)科學院莊行綜合試驗站 國家新品種測試（上海）分中心二期基地 |
聯(lián)系人 | 徐培俊 18621585050 |
實驗預約二維碼（長按/掃描識別）
“上海農業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺”科研服務涉及的植物種類：
目前平臺已建成的大型設備：
>>高通量植物基因型-表型-育種服務平臺，溫室型高通量植物3D表型成像系統(tǒng)
溫室型高通量植物表型平臺-Scanalyzer 3D是一套可以全自動、高通量對大量植株（從幼苗到成熟植株皆可）進行成像的系統(tǒng)。系統(tǒng)無需人工干預，能在可控條件下連續(xù)監(jiān)測成千上萬的植物?？蛇xVIS、NIR、IR、根系NIR成像、熒光成像中的一種或多種，獲得完整的植株3D成像信息?！吧虾＾r業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺”3D安裝了可見光（VIS）成像和近紅外（NIR）成像及相應的分析。
目前，平臺已針對小麥、水稻、玉米、黃瓜、番茄、辣椒、楊樹、丹參等多種植物進行3D表型服務，服務內容涉及脅迫生理，生長模型構建、生長勢評價等領域。
● 可見光（VIS）成像可測量參數
植株 | 葉片 | 花 | 果實 |
植株結構、冠層幅度、植株高度、寬度、密度、對稱性、葉片數量、莖稈長度、生物量、生長速率、骨架數、開展度、葉片角度、α角，葉與莖的上夾角、冠層或測量偏心率、顏色分布及變化、生長速率、表型指紋圖譜 | 數量、長度、寬度、葉片面積、葉片周長、葉片顏色分布及變化、葉片病斑、葉片對稱性、葉片偏心率 | 花瓣數量、花瓣面積、花瓣顏色分布及變化、花瓣對稱性、花蕊形態(tài)、果實萼片形態(tài)分析 | 長度、寬度、面積、顏色變化、曲率、果實體積擬合、果肉 |
● 近紅外（NIR）成像可獲得植株相對含水量分布進行水力學研究、脅迫生理學研究等。
服務內容： 各種植物苗期至成熟期的栽培管理、3D成像及數據處理。
>>實驗室高通量植物成像系統(tǒng)Scanalyzer HTS
可以全自動、高通量對大量小植株進行成像的系統(tǒng)，可以選擇配置可見光（VIS）成像、近紅外（NIR）成像、紅外（IR）成像、熒光成像或激光掃描3D成像（只適合高度15cm以下的小植株）中的一種或多種。系統(tǒng)無需人工干預，能在可控條件下連續(xù)監(jiān)測成千上萬的植物。上海農業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺”HTS安裝了可見光（VIS）成像、近紅外（NIR）成像和紅外（IR）成像及相應的分析。
目前，平臺已針對擬南芥、玉米種子、煙草蒴果、蕎麥幼苗等多種植物進行HTS表型服務，服務內容涉及脅迫生理，生長模型構建、生長勢評價等領域。
● 可見光（VIS）成像可測量參數
植株 | 葉片 | 花 | 果實 | 種子 |
植株結構、冠層幅度、植株高度、寬度、密度、對稱性、葉片數量、莖稈長度、生物量、生長速率、骨架數、開展度、葉片角度、α角，葉與莖的上夾角、冠層或測量偏心率、顏色分布及變化、生長速率、表型指紋圖譜 | 數量、長度、寬度、葉片面積、葉片周長、葉片顏色分布及變化、葉片病斑、葉片對稱性、葉片偏心率 | 花瓣數量、花瓣面積、花瓣顏色分布及變化、花瓣對稱性、花蕊形態(tài)、果實萼片形態(tài)分析 | 長度、寬度、面積、顏色變化、曲率、果實體積擬合、果肉 | 種子計數、種子形態(tài)、種子病害、結實率擬合、種子凈度分析、種子發(fā)芽率、種子發(fā)芽速率、稻穗面積、稻穗顏色、稻穗長度、稻穗最大長度、稻穗結構、稻穗骨架 |
● 近紅外（NIR）成像可獲得植株相對含水量分布進行水力學研究、脅迫生理學研究等。
● 紅外（IR）成像可獲得植株相對溫度分布等。
服務內容：各種植物苗期至成熟期的栽培管理、HTS成像及數據處理。
>>高通量植物基因型-表型-育種服務平臺室，高通量基因分型系統(tǒng)
AgriphenoTM高通量基因分型檢測平臺包括高通量Oktopure DNA提取儀、Nexar
模塊化內聯(lián)液處理與分析系統(tǒng)、Soellex高通量PCR水浴熱循環(huán)系統(tǒng)和Araya內聯(lián)熒光檢測系統(tǒng)。
模塊化內聯(lián)液處理與分析系統(tǒng)、Soellex高通量PCR水浴熱循環(huán)系統(tǒng)和Araya內聯(lián)熒光檢測系統(tǒng)。Oktopure DNA提取儀采用磁珠的方法提取DNA，通量達到800個樣本/3小時。同時，適用于多種樣本類型的DNA提取，包括植物葉片、種子，毛發(fā)、血方卡、精液、口拭子、唾液、組織等。提取的DNA適用于多種下游應用，如基因分型、一代測序、二代測序等。
Nexar高通量吸取樣品DNA和引物、mix至384孔卷帶并封膜。Soellex對封膜完成的卷帶進行PCR水浴熱循環(huán)，每次最多可達230,000個樣本。Araya對水浴完成的卷帶掃描分析，28秒掃描一張卷帶。
AgriphenoTM基因分型采用KASP（Kompetitive Allele Specific PCR）原理，對目標SNPs和InDels進行精準的雙等位基因分型。反應體系僅1.6 μl，具有高通量、低成本，準確率和檢出率接近100%的明顯優(yōu)勢。
“上海農業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺”將面向長三角科研院所及育種企業(yè)提供共享式的開放服務，目前已可以提供植物生理學、農業(yè)科學、植物病理學、遺傳育種、突變株篩選、植物形態(tài)建模、植物脅迫生理學、植物水力學等研究。
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