ALGcontrol采用激發(fā)光對藻類進行激發(fā)。當激發(fā)光照射到葉綠素分子上時，葉綠素分子會將一部分吸收的激發(fā)光再以特定波長的熒光的形式發(fā)射出來。

所有的藻都含有葉綠素a，這些葉綠素a發(fā)射的熒光峰值是相同的（都被激發(fā)出波長680nm的熒光）。但是研究發(fā)現：同一種藻受到不同波長單位強度激發(fā)光照射時，發(fā)出的熒光強度不同；不同的藻在受到相同波長單位強度激發(fā)光照射時，發(fā)出的熒光強度也不同，所以可以通過這個特性對藻進行分類測定。

除此之外，儀器還會對其它干擾物質和參數進行測定以提高藻類測定的準確性。其中包括：通過測定365nm的熒光和710nm的熒光分別對DOM（可溶解有機物）和濁度進行補償。

ALGcontrol選用7個不同波長的激發(fā)光對被測對象進行激發(fā)測定，分別是365nm, 450nm, 525nm, 570nm, 590nm,615nm 和 710nm。

儀器在工作時，7種不同波長的激發(fā)光以極高的頻率逐次對被測對象進行照射，每次的信號值都會被儀器測定并記錄，所以每個波長的激發(fā)光對不同藻的“激發(fā)值”都會被記錄并用于藻類的濃度的計算，計算所得的結果圖像會以μg/l的形式在儀器屏幕上顯示。相應的DOM和濁度的結果也會被自動的計算。